Tussen 1594 en 1598 werd het klooster dat in deze rumoerige eeuw al  in verval was geraakt tot de grond toe afgebroken. Karren en schepen vol met puin waren nodig voor de versteviging van de weg in het drassige land van de Mars(landen) bij Zwolle. De  brouwerij bleef staan en misschien enige gebouwen zoals de Wheeme (pastorie) en de boerderij van den Oort (begin Veldweg). De bezittingen van het Kapittel Windesheim werden overgedragen aan de Staten van Overijssel die een rentmeester aanstelde voor het beheer. Deze situatie zou meer dan 250 jaar duren. Waarschijnlijk woonde de rentmeester op het erf van van den Oort. 
In de tijd dat de brouwerij werd omgebouwd tot kerk telde het buurschap Windesheim c. 15 huizen. De kerkelijk gemeente was groter en strekte zich uit over Windesheim, Zuthem, Harculo en Herxen.