Al voor de Tweede Wereldoorlog was de kerk toe aan een dringende restauratie. De muren vertoonden diepe scheuren, het dak en de goten lekten en bij een vorige restauratie was een te grote kerktoren gebouwd die bij storm als een hefboom werkte en het hele gebouw ontwrichtte. De Rijkscommissie had rond 1931 een restauratieplan uitgewerkt maar door de crisistijd en de daaropvolgende oorlog konden de plannen niet worden uitgevoerd. Vanaf 1970 nam een restauratiecommissie bijgestaan door 3 subcommissies de oude plannen  als uitgangspunt met aanpassingen aan de nieuwe tijd. Het gebouw zou zoveel mogelijk worden gereconstrueerd naar een tekening van 1730 met de ingang aan de zuidzijde, de oorspronkelijk Romaanse vensters zouden worden hersteld, de zolder van de kerk zou worden ingericht voor gebruik door jongeren en als expositieruimte, de kosterswoning zou geheel worden gerestaureerd en het oude van Dam orgel zou worden vervangen. De oude consistoriekamer uit 1915 mocht niet worden afgebroken. Door het aanbrengen van een glazen strip op de plek waar de muren elkaar raken, zou men het verschil in tijd tussen de gebouwen symboliseren. Het kerkbestuur van Windesheim lobbyde en wist met steun van de gemeente Zwolle, bedrijven en bijdragen van de inwoners de benodigde miljoenen bij elkaar te krijgen voor een ingrijpende restauratie.  
Op 10 oktober 1987 was het zover dat burgemeester Loopstra die zich enorm heeft ingezet voor de restauratie de kerk feestelijk mocht openen.
beeldbank.cultureelerfgoed.nl/rce-mediabank